Die Realschule am Judenstein nahm zu Beginn des Schuljahrs 1955/56 im Gebäude der Kreuzschule mit drei Klassen den Unterrichtsbetrieb  auf.

Aufgrund des großen Zuspruchs musste die Schule bereits im Jahr 1963 geteilt werden: Die zweite staatliche Realschule in Regensburg –  die Albert-Schweitzer-Realschule – kam hinzu.  Die Schule musste  über viele Jahre ihren Betrieb auf mehrere Gebäude verteilen. Im Schuljahr 1981/82 gelang es erstmals, nach einer  teilweisen Sanierung und eines teilweisen Neubaus des Stammgebäudes alle Klassen unter einem Dach zusammenzufassen. Im Jahr 1982 wurde der  Schule der offizielle Name „Realschule am Judenstein“ durch den israelischen Botschafter verliehen. Im Schuljahr 1995/96 erfolgte eine weitere Sanierung, nämlich die des bei der ersten Sanierung ausgesparten Gebäudeteils. Diese  führte zu einer weit überdurchschnittlichen technischen Ausstattung der Klassenzimmer.

Das Bayer. Staatsministerium für Unterricht und Kultus erhob die Realschule am Judenstein im Jahr 1996 zur Seminarschule für die  Ausbildung von Realschullehrern.  In den Jahren 1997 bis 2004 wurde in Zusammenarbeit mit dem Lehrstuhl für Schulpädagogik der Universität Regensburg und dem  Pädagogischen Institut der Stadt Nürnberg eine Schulentwicklung zur systematischen Verbesserung der Schulqualität  durchgeführt.  Im Jahr 2000 wurde die Realschule am Judenstein sechsstufig.